PLATEFORME DE RECHERCHE PRIORITAIRE / BIOLOGIE DE SYNTHÈSE
PURELIX®
Explorer des voies biologiques d’accès à des molécules définies.
La plateforme principale de biologie de synthèse de YOHOLIFE® LAB, qui relie molécules cibles, systèmes enzymatiques et recherche en bioproduction.
De la complexité moléculaire aux perspectives de recherche.
De nombreux composés naturels précieux sont structurellement complexes, présents à de faibles concentrations ou difficiles à séparer de molécules étroitement apparentées. Leur développement soulève un ensemble de questions liées : comment obtenir la bonne structure, comment en démontrer l’identité, et comment une voie prometteuse pourrait-elle devenir un procédé reproductible ?
PURELIX® réunit ces questions au sein d’une même plateforme de recherche. Notre portefeuille actuel couvre les glycosides de Rhodiola, les polyphénols, les alcaloïdes, les procyanidines et les ginsénosides. Nous explorons les voies de biosynthèse, les transformations enzymatiques et les systèmes de production biologique, ainsi que la récupération et la caractérisation analytique, afin de constituer un corpus de données susceptible d’orienter le développement industriel futur.
LE CADRE DE RECHERCHE
D’une question moléculaire
à une possibilité mise à l’épreuve.
Notre cadre associe conception, ingénierie biologique, apprentissage expérimental et évaluation des procédés. Ouvrez chaque volet pour explorer les méthodes et les données susceptibles d’orienter un projet.
Les méthodes sont choisies en fonction de la molécule, de l’hôte et de la question de recherche. La bibliothèque de recherche présente les structures et les travaux publiés qui nourrissent nos questions de recherche.
01CONCEVOIRConception des voies métaboliquesExplorer la démarche
Comment la biologie pourrait-elle assembler la molécule prévue ?
- Cartographie des voies métaboliques
- Relier une structure cible définie aux réactions de précurseurs, aux familles d’enzymes et aux voies biologiques publiées.
- Évaluation des enzymes et des cofacteurs
- Examiner la spécificité de la réaction, les besoins en cofacteurs et la compatibilité des étapes enzymatiques candidates.
- Analyse des flux et des étapes limitantes
- Utiliser des modèles métaboliques et les profils d’intermédiaires mesurés pour étudier la compétition pour les ressources cellulaires.
02CONSTRUIREStrain Engineering & Gene EditingExplorer la démarche
La voie proposée peut-elle fonctionner de manière cohérente chez un hôte biologique ?
- Conception de l’hôte et des constructions génétiques
- Comparer les hôtes biologiques, les architectures d’expression génique et les modules de voies métaboliques au regard de la question posée.
- Édition génomique et ajustement de l’expression
- Explorer des modifications génétiques ciblées et l’ajustement de l’expression, lorsqu’ils conviennent à l’organisme et au projet retenus.
- Vérifications de l’identité et de la stabilité
- Relier la vérification génétique aux profils de composés et à des observations de cultures répétées afin d’examiner la constance des résultats.
03TEST & LEARNHigh-Throughput Screening & AI OptimisationExplorer la démarche
Quelle prochaine expérience est la plus susceptible de résoudre une incertitude utile ?
- Criblage parallèle
- Comparer les variants ou les conditions candidats à des témoins appropriés, avec des critères de mesure constants et quantifiables.
- Plans d’expériences
- Étudier les variables en interaction et la répétabilité, plutôt que d’interpréter une seule observation prometteuse.
- Priorisation assistée par des modèles
- Lorsque la qualité des données le permet, recourir à l’apprentissage automatique ou à l’apprentissage actif pour classer les candidats et quantifier l’incertitude.
04DÉVELOPPERFermentation Scale-Up & PurificationExplorer la démarche
Comment un résultat de laboratoire prometteur se comporte-t-il lorsque le procédé change d’échelle ?
- Caractérisation de la fermentation
- Examiner le comportement de la culture, le transfert d’oxygène, le mélange et la stratégie d’alimentation au regard du composé défini.
- Changement d’échelle
- Comparer les conditions de génie des procédés d’un réacteur à l’autre et examiner comment les performances biologiques évoluent avec l’échelle du procédé.
- Récupération et purification
- Comparer les approches de séparation à partir de l’identité du composé, des profils d’impuretés et des bilans matière.
05VÉRIFIERAnalytics & Functional ValidationExplorer la démarche
Quelle est la nature du produit obtenu, et que les données permettent-elles réellement d’établir ?
- Identité chimique et composition
- Utiliser des étalons de référence adaptés et des méthodes complémentaires de chromatographie, de spectrométrie de masse ou d’élucidation structurale.
- Performances de la méthode
- Examiner la spécificité, la précision et l’exactitude dans la matrice d’échantillon visée, avec des témoins appropriés.
- Fonction et contexte des données
- Choisir les essais biologiques ou les tests de matériaux pertinents ; interpréter explicitement la dose, la forme chimique et les limites du modèle.
Concevoir →︎ Construire →︎ Tester →︎ Apprendre. Les données issues de chaque domaine éclairent la question suivante et peuvent nous ramener à une décision antérieure.
PROGRAMMES DE RECHERCHE MOLÉCULAIRE PURELIX®
Un aperçu plus détaillé de nos axes de recherche.
Explorez les identités moléculaires, les caractéristiques détaillées, les sources biologiques et les travaux publiés.
La bibliothèque moléculaire constitue un point de départ pour les échanges scientifiques et la collaboration ; elle est ouverte à tous.
Nous accueillons les chercheurs, les investisseurs et les partenaires académiques ou industriels potentiels qui souhaitent comprendre notre orientation scientifique ou discuter de pistes de collaboration future.
Explorer la bibliothèque moléculaire →︎Aucun compte n’est nécessaire.
EXPLORATION OUVERTE
Au-delà des programmes actuels.
Nos molécules cibles constituent un point de départ. Explorez les questions techniques plus larges ci-dessous, puis proposez-nous une autre piste. Ces orientations sont des pistes d’investigation, façonnées par les données et la collaboration.
PISTES DE RECHERCHEPURELIX®6 axes de recherche · 24 idées
01Pathway design & precursors
Quelle organisation de la voie métabolique pourrait former le composé cible tout en gardant intelligibles l’approvisionnement en précurseurs et les réactions secondaires ?
Comparaison des voies
Quelles étapes de la voie métabolique et quels intermédiaires convient-il de comparer pour la cible retenue ?
Disponibilité des précurseurs
À quel stade l’approvisionnement en précurseurs pourrait-il limiter la formation du composé, et comment cette limite pourrait-elle être testée ?
Bottlenecks & by-products
Quels profils d’intermédiaires révéleraient une étape limitante ou une réaction concurrente indésirable ?
Répartition du carbone
Comment évaluer la répartition du carbone entre la croissance, la voie cible et les réactions concurrentes dans des conditions de culture comparables ?
02Enzymes & glycosylation
Comment le choix de l’enzyme et les conditions de réaction pourraient-ils favoriser la transformation chimique visée plutôt qu’un produit apparenté ?
Sélectivité enzymatique
Quelles enzymes candidates favorisent le substrat et la transformation visés dans des conditions comparables ?
Disponibilité des donneurs de sucre
Pour une cible glycosylée, comment la disponibilité du donneur et la spécificité de la liaison glycosidique pourraient-elles influer sur le profil du produit ?
Activity & compatibility
Quelles conditions de réaction permettent aux enzymes de la voie métabolique de fonctionner ensemble avec une activité et une stabilité utiles ?
Équilibre enzymatique
Comment les quantités relatives d’enzymes influent-elles sur l’accumulation des intermédiaires et sur l’équilibre entre le produit visé et les produits apparentés ?
03Host & process development
Comment le comportement de la voie métabolique pourrait-il être relié à un procédé de production biologique contrôlé et reproductible ?
Aptitude de l’hôte
Quelles caractéristiques de l’hôte conviennent à la voie métabolique, au composé cible et à l’approche de récupération envisagée ?
Conditions de culture
Comment le pH, la température et l’apport en nutriments influent-ils sur la croissance et sur le profil du composé ?
Repeatability & scale
Quelles observations doivent être répétées avant qu’une voie justifie des essais de procédé à plus grande échelle ?
Tolérance au produit
Comment le composé cible et les principaux intermédiaires influent-ils sur la croissance de l’hôte et sur le comportement de la voie métabolique selon leur concentration ?
04Recovery & route assessment
Le composé recherché peut-il être récupéré, identifié et évalué dans le cadre d’un procédé global réalisable ?
Separation & recovery
Quelles approches de séparation permettent de récupérer la cible en limitant les pertes et les constituants indésirables ?
Identity & composition
Quels étalons de référence et quelles mesures complémentaires permettent de distinguer la cible de composés similaires ?
Comparaison du procédé global
Comment le taux de récupération, les intrants et les contraintes de procédé se situeraient-ils par rapport aux voies d’approvisionnement ou de production existantes ?
Origine des impuretés
Quelles étapes de la voie métabolique ou de la récupération introduisent des composés non ciblés, et comment distinguer leur origine d’une interférence analytique ?
05Biocatalyse acellulaire
Comment des systèmes enzymatiques hors cellules vivantes pourraient-ils permettre des transformations définies, tout en rendant mesurables la compatibilité des réactions et les besoins en ressources ?
Assemblage de cascades enzymatiques
Quel ordre d’ajout des enzymes ou quelle organisation en modules réactionnels pourrait limiter les conditions incompatibles tout en préservant le profil de produit visé ?
Recyclage des cofacteurs
Comment les choix de régénération des cofacteurs pourraient-ils influer sur la stabilité de la réaction, la formation du produit et la quantité de cofacteur neuf nécessaire ?
Organisation spatiale
Comment l’organisation des enzymes sur un support moléculaire modifie-t-elle le transfert des intermédiaires et le déroulement des réactions, par rapport à des enzymes libres en mélange ?
Biocatalyseurs réutilisables
Comment l’immobilisation pourrait-elle influer sur la sélectivité, l’activité et la récupérabilité des enzymes au fil de cycles réactionnels répétés ?
06Développement guidé par les données
Comment des expériences structurées et des modèles pourraient-ils orienter la prochaine décision de développement, tout en explicitant l’incertitude et les limites de la prédiction ?
Jeux de données comparables
Quelles mesures, quels contrôles de référence et quelles métadonnées expérimentales sont nécessaires pour comparer de façon fiable des voies ou des procédés candidats ?
Planification expérimentale
Quelles combinaisons de conditions permettraient de distinguer les effets propres de chaque facteur de leurs interactions, tout en gardant la comparaison reproductible ?
Modèles prédictifs
Quels modèles pourraient hiérarchiser les voies ou procédés candidats, et comment leurs prédictions devraient-elles être confrontées à de nouvelles expériences ?
Uncertainty & transferability
Comment des lacunes dans les données, ou un changement d’hôte, de cible ou de conditions, influeraient-ils sur la confiance accordée à une recommandation issue d’un modèle ?
Il s’agit de points de départ possibles pour l’exploration. Nous accueillons volontiers d’autres idées, questions de recherche et perspectives issues des milieux universitaires et industriels.
Partager une idée avec YOHOLIFE® LAB
Démarche de recherche & molecular pipeline.
Explorez cinq volets reliés de notre cadre de recherche, puis découvrez les molécules cibles : leurs structures, leurs caractéristiques et les études publiées. Vos questions et vos perspectives nouvelles sont les bienvenues à chaque étape.
Valeur potentielle pour l’industrie et la société
PURELIX® pourrait aider les chercheurs et l’industrie à évaluer d’autres façons de produire des composés utiles. Son intérêt résiderait dans la compréhension des cas où une voie biologique est techniquement crédible et de ceux où elle peut compléter les sources existantes.
Des possibilités d’approvisionnement supplémentaires. Une voie biologique viable pourrait compléter la culture et l’extraction d’un composé clairement défini.
Des connaissances transférables sur les procédés. La documentation des voies métaboliques, des enzymes et des cultures pourrait aider les équipes à comprendre la variabilité et à concevoir des essais de développement plus instructifs.
Des choix industriels mieux étayés. Les données relatives à l’identité du produit, à sa récupération et au procédé pourraient révéler quels concepts méritent d’être approfondis et quels obstacles subsistent avant un changement d’échelle.
Une comparaison responsable des voies. L’évaluation du rendement, des intrants, de l’énergie et des besoins en aval pourrait éclairer les choix de ressources ; tout avantage environnemental devrait être démontré à l’échelle du procédé complet.
Comment une molécule devient une question de production.
Le développement commence par une identité moléculaire définie et la spécification visée pour la matière. Les voies métaboliques, les enzymes et les hôtes biologiques candidats peuvent ensuite être comparés selon des critères mesurables : sélectivité du produit, répétabilité, taux de récupération, pureté et exigences pratiques du procédé.
PURELIX® relie ces questions plutôt que de considérer la conversion biologique comme le résultat final. Une voie prometteuse doit aussi résister à l’examen analytique et à la comparaison des procédés. À mesure que les données s’étoffent, la plateforme peut étayer les décisions relatives à l’optimisation ultérieure, au changement d’échelle et aux applications éventuelles, en recherche d’ingrédients comme en bioproduction.
Explorer ensemble
Nous accueillons les collaborateurs académiques et industriels porteurs d’idées en conception de voies métaboliques, en découverte d’enzymes, en fermentation, en caractérisation analytique ou en traitement en aval. Une méthode proposée, un verrou non résolu ou une question propre à un composé peuvent constituer un point de départ.